Давйте ещё раз вспомним, что Java это совсем не JavaScript. И те 2-3 из десяти сайтов используют как раз JavaScript. А именно Java нынче исключиельно редка. Если Java-таки не показывается посмотреть стоит на opera:about и на opera:plugins Есть там табличка Java plug-in?
Для пущей перестраховки можно перенести из папки bin в папке Явы файлы NP*.dll в папку Program\Plugins в папке Оперы.