Этого просто не может быть. А файрволов никаких не стоит?
Можно попробовать ещё вариант. Оперу можно устонавливать в любое количество мест любое количество раз, одна Опера не влияет на другую никак. Сделай так. Включи в опциях Naviscope все браузеры и посавь Оперу в новую папку. Так прокси должны включиться прокси. Заработалов новой Опере?