Для того чтобы оставить только одну боковую панель "Закладки" (как в IE) нужно не только убрать все остальные, но и поставить галочку "Показывать при необходимости".
Простейший способ отключить флэш, это снять галочку F12->Включить плагины.
Java не имеет прямого отношения к JavaScript (ECMAScript) и не нужна на подавляющем большинстве сайтов.