Автообновление используется теми программами, для которых это приемлемо. Очень много программ, которые не поддерживают автообновление. Если говорить об Opera, то здесь получилась такая ситуация: темпы развития и массированное изменение кода от версии к версии, плюс сверх-гибкая настраиваемость и доступность конфигов для пользователей по идее противоречат автообновлению (или установке поверх). Но в целях повышения безопасности и по настоятельным просьбам пользователей эту функцию сделали. Вот и получился такой вынужденный компромисс, в результате которого у большинства всё срабатывает нормально, но при этом у достаточно большой группы пользователей появляются непредсказуемые баги.